เนื้อเรื่องของเกมจะแยกมาจากส่วนของอนิเมะเรื่อง Puella Magi Madoka Magica กล่าวถึงเมือง Kamihama ที่มีพลังประหลาดทำให้มีเหล่าสาวน้อยเวทมนตร์มารวมกันเพื่อต่อสู้กับแม่มด ทามากิ อิโรฮะ ได้เดินทางเข้ามาในเมืองนี้เพื่อร่วมกับสาวน้อยเวทมนตร์คนอื่นๆ ในการตามหาน้องสาว อุอิ ที่หายสาบสูญไป อาเคมิ โฮมุระ เองก็เดินทางมาที่เมืองนี้เช่นกัน พร้อมกับความหวังว่า “หากฉันคลายปริศนาของเมืองนี้ได้ ฉันอาจช่วยมาโดกะได้ด้วย”
รวม Maho Shojo Madoka Magica สาวน้อยเวทมนตร์ มาโดกะ ทุกภาคคลิก
Magia Record สาวน้อยเวทมนตร์ มาโดกะ บันทึกมากิอา (ภาค3) ตอนที่ 1 ซับไทย | สำรองตอนที่ 1 ซับไทย | สำรองตอนที่ 1 ซับไทย
Magia Record สาวน้อยเวทมนตร์ มาโดกะ บันทึกมากิอา (ภาค3) ตอนที่ 2 ซับไทย | สำรองตอนที่ 2 ซับไทย | สำรองตอนที่ 2 ซับไทย
Magia Record สาวน้อยเวทมนตร์ มาโดกะ บันทึกมากิอา (ภาค3) ตอนที่ 3 ซับไทย | สำรองตอนที่ 3 ซับไทย | สำรองตอนที่ 3 ซับไทย
Magia Record สาวน้อยเวทมนตร์ มาโดกะ บันทึกมากิอา (ภาค3) ตอนที่ 4 ซับไทย จบแล้ว | สำรองตอนที่ 4 ซับไทย | สำรองตอนที่ 4 ซับไทย